Su fundación inicial data del 1° de abril de 1936. La crónica de su nacimiento nos dice que en la esquina de las calles 25 de Mayo y Rivadavia (Luján - Buenos Aires) existía un pequeño terreno baldío cerrado por un tapial de poca altura y con una puerta de madera que daba sobre Rivadavia. En el centro de ese terreno se levantaba un inmenso árbol que, a pesar de impedir con su presencia la práctica de fútbol, ofrecía con su sombra el lugar ideal para ser punto de reunión de la muchachada de aquel entonces. Fue justo bajo ese árbol donde jóvenes entusiastas soñaron con fundar un club. Entre ellos, se destacan Mario Gervais, Juan Carlos Aguas, Roberto Ferroni, Carlos Aróza, Juan Quevedo. Santiago Las Heras, Herminio Castéx, Juan Hernández, Domingo Iturriaga, Francisco Reyes y Juan Cóppulo, siendo su primer presidente Ricardo Platón.

A días de concretarse esa idea, llamada primeramente River Plate, estos jóvenes se afiliaron a la Liga Lujanense de Fútbol en la segunda de ascenso, categoría en la que la entidad fue protagonista de un memorable partido contra Honor y Patria. Durante su participación en los campeonatos lujanenses, el club fue campeón en 1936 (2da. de ascenso), 1938 (Relámpago Intermedia), 1941 (2da. de ascenso), 1942 (Torneo de Primera y Reserva) y 1946 (Torneo de Primera) consiguiendo también en 1940 el sub-campeonato Relámpago.

Al igual que su homónimo capitalíno, el Club River Plate usaba la banda roja cruzada sobre el pecho, y por aquel entonces su sede social funcionaba en la calle Mitre al 300, entre Italia y Colón, pegado al edificio donde funcionaba la Liga Lujanense de Fútbol y en el mismo lugar donde en la actualidad funciona la Fiscalía. Un equipo característico de aquel River a seis años de su fundación (1942) fue éste: Ciucci; Quiñones, Orlando y Torres; Palomeque, Pérez, García y Maiolino; Musso, Cano y López. En septiembre de 1947 ocurrió otro hecho histórico, ya que mediante una cartilla de prensa, el Club River Plate anunció el cambio de nombre por el de Club Luján, debido a que cuando fue a solicitar su personería jurídica a La Plata les hicieron  saber a los dirigentes que la institución debía encuadrarse en una disposición vigente en el ámbito de la Nación, por el cual los nombres de los clubes debían estar expresados en idioma nacional. 

Sin dudas, los orígenes de nuestra institución se detallan en la historia del Club River Plate local fundado en 1936, pero como Club Luján su historia comenzó recién en 1954, cuando Atilio Ferrari y Juan Pescio comenzaron las gestiones ante la AFA (Asociación del Fútbol Argentino) tendientes a lograr la afiliación del club en la 2da. de ascenso. 

El pedido que llevaban las autoridades lujanenses surgía de un verdadero clamor popular que quería ver a un equipo local en el fútbol capitalino, ya que los torneos de la Liga eran cada vez menos competitivos generando muy poco interés entre los aficionados, que preferían viajar hasta Capital Federal a ver los partidos profesionales, o en todo caso, seguirlos por televisión. 

En el seno de la Liga Lujanense de Fútbol y en los clubes de la ciudad de Luján existía gran consenso para llevar a cabo el poderoso proyecto, de tal manera que el 21 de noviembre de ese año se produjo una importante reunión en la sede de la calle Mitre que contó con la presencia de los delegados de los clubes Colón, El Libertador, Independiente, San Lorenzo, Platense, Atlanta y Farolito, quienes apoyaron decididamente la formación de una comisión que definiera la cuestión y  fue presidida por Aurelio Luchetti, Ricardo Basualdo como vice, Miguel Angel Prince (padre) como secretario y la colaboración de Juan Pescio, Atilio Ferrari, Alberto Fuentes, José Manuel Urriza, Norberto Malaisi, Luis Ramos, Juan y Pablo Girotto, Daniel Martinelli, Manuel López, Humberto Venditti, José Mendoza, Francisco Núñez, Antonio Rodríguez y Ernesto Gabi. Los concurrentes buscaron un club social prestigioso como representante pensando originariamente en Platense, pero razones de rivalidad deportiva hicieron que la designación cayera en el Club Luján, entidad considerada como modelo además de llevar la identificación en su nombre de la ciudad, algo que también favoreció para que la decisión recayera en el club de la banda roja. A pesar de contar con el apoyo de todos los clubes locales, por falta de asesoramiento adecuado la AFA le denegó el pedido tras entender que debía comenzar en la tercera amateur y no en la segunda de ascenso como pretendían los dirigentes lujanenses.

Si bien la negativa resultó un duro golpe a la ilusión, los dirigentes continuaron con sus pronósticos en busca de la gran meta. En tal sentido, durante 1958 se conoció un interés de Brescia que, según comentarios, había pedido su afiliación a la AFA pero como carecían de cancha, socios y personaría jurídica reglamentariamente le resultaba imposible, por lo que de fusionarse con Luján tal vez ambos consiguieran su merecido, hecho que también quedó en el intento.

Recién en 1961 logró su afiliación a la institución más importante del fútbol argentino, pasando a militar en el torneo de la Primera "D" o "Aficionado", y haciendo las veces de local en el Campo Municipal de Deportes. Tres años más tarde logró su primer ascenso a la divisional "C" tras vencer por 5 a 1 a Estudiantes de Buenos Aires con un equipo casi en su totalidad integrado por lujanenses, entre los que se destacaban Miguel "Bachicha" Loricchio, "El Vasco" Arla, Bracco, Bricka, "El Loco" Cordero, Borja, Lipári, Maggio, Hugo Pérez, Ranieri, Rey, Robledo y Juan Carlos Pérez.

En 1971 sufrió su primer traspié al descender por primera vez en su historia. Dos años más tarde y bajo las ordenes del ex arquero campeón Miguel Loricchio, el Club Luján regresó a la divisional "C" con estos jugadores dentro del plantel: Munafó, Mario Medina, Gil González, Panattú, Mancinelli, Solari, Rodolfo "Chori" Benavídez, Eduardo Segura, Horacio "Tano" Puglia, Rubén Lanutti, Mario Giacoia, "Cuti" Caro, García, Oscar Cherencio, Daniel Leonforte, Taváres y Bianchi.

Luego de volver a descender en 1980, el 16 de junio de 1986 logró un nuevo ascenso a la "C" trás ganarle a Muñiz por el 6 a 1 en cancha de Argentino de Merlo, después de salir segundo en su zona del "Apertura" y tercero en la final (ascendían 3 equipos). Aquel memorable plantel también fue compuesto en su gran mayoría por valores locales, entre los que se encontraban Sergio Navarro, Guillermo Toselli, Walter López, Hugo Vallejo, Claudio Cuevas, Guillermo Lamarque, Mauro Vitale, Rosendo Bach, Rafael Casale, Rubén Sosa, Miguel “Pinky” Díaz, Marcelo Ríos, Horacio “El Indio” Pereyra, Fernando Marcigliano, Javier Vallejo, Carlos De la Hoz, Rafael Pitra, Angel López y Rafael Tejeda; siendo el DT don Ricardo Dellavecchia.

Desde ese entonces el Club Luján permaneció en la "C" hasta el 15 de junio de 1991, fecha histórica en la que logró el ascenso a la Primera "B", nuevamente de la mano de Dellavecchia y tras ganarle el último partido a Berazategui por 3 a 1 en su cancha. Ese sueño se llevó a cabo con los jugadores Oscar Alcides Mena, José y Pedro Nieva, Peloso, Aloe, "Tati" Pérez, Colángelo, Quintana, Olivera, Mario Tillio, Arce y Alejandro Campana entre otros. Esa consagración dejó en las estadísticas un total de 42 partidos disputados, de los cuales se ganaron 22, se igualó en 12 y se perdió en 8, acumulando 66 goles a favor y 38 en contra. 

Del mencionado plantel hay que destacar la presencia de Oscar Alcides "El Gallego" Mena, quién luego de cosechar el ascenso con Luján pasó a las filas de Platense (Argentina), Lanús (Argentina), Mallorca (España), Atlético de Madrid (España), Racing de Santander (España), Las Palmas (España), Olimpo (Argentina) y Toledo (España), siendo uno de los tantos lujanenses que triunfaron en el fútbol extranjero. Otro que también vistió la camiseta lujanense en las divisiones inferiores es Lucas Castromán, cuando la Escuelita de Fútbol "Cesar Luis Menotti" (Luján) representaba al Club Luján en los torneos juveniles de AFA. Castromán fue campeón con el seleccionado argentino sub-17; y militó también en Vélez Sarsfield (Argentina), Lazio (Italia), Udinese (Italia) y Boca Juniors (Argentina).

La posición de privilegio de Luján en la categoría "B" fue de dos temporadas, ya que en el torneo 1992/93 terminó ultimo en la tabla general de promedios descendiendo una vez mas a la "C", división en la que militó por poco tiempo ya que logró ascender nuevamente aprovechando una reestructuración de los campeonatos dispuesta por la AFA. Esta vez, su nuevo paso por la Primera "B" fue por demás efímero, ya que descendió al otro año nuevamente a la categoría en la que actualmente milita. 

De los últimos años, puede destacarse aquel equipo dirigido en la temporada 2002/03 por Gerardo Garate, que luego de estar al borde de perder la división, no solo logró escaparle al descenso sino también ingresar al Torneo Reducido obteniendo buenos resultados con jugadores como Lucas Giovini, Martín Repetto, Javier Pereyra, Matías Coaraza, Diego Naveira, Julio Pulido, Gonzalo Giannice, Javier Ruíz, Juan Martín, Javier Brayotta y Abel Orona entre otros, siendo estos dos últimos elegidos en los años 2003 y 2004 respectivamente como los mejores jugadores de la Primera División "C" por el Círculo de Directivos y ex Directivos del Fútbol Argentino. 

Desde esa temporada, el Club Luján ha tenido a la actualidad grandes actuaciones en los campeonatos siguientes, logrando durante 2008 ser el equipo con mejor promedio de la categoría, fruto de las etapas de Garate y su sucesor Sergio Rondina como directores técnicos. 

Entre los clásicos rivales futbolísticos del Club Luján se pueden mencionar a los clubes Flandria y Leandro N. Alem, ambos equipos de la zona.